檢查結束后，將監控攝像機送到內鏡清洗平臺的廚房水槽進行清洗消毒。接下來，在銀行流水的同時，用酶清洗液和海棉仔細清洗表面的污漬。然后，用特別的軟刷清潔鑷子的開口(在進行穿刺活檢時插入Cpu的開口)和吸脂口的內部結構，以去掉粘液等粘附。接下來，將監控攝像頭放入專門設計的清潔和消毒器中，并將一根特別的管道連接到之前刷過的部分。
一種特比如的清潔劑和消毒劑在機車內循環，鏡體根據清潔劑和消毒劑在鏡體內外的高壓流動性進行清潔和消毒。然后用太多的水清洗數字示波器的結構外部。之后，根據運輸氣體，將水從電子內窺鏡的內部結構排出。此外，為了干燥電子內窺鏡的內部結構，將乙醇引入消毒器的軸桿中去掉水分。
由于壓力等各種因素，正常的清潔和消毒過程會有所不同，但通常需要20分鐘。在多次重復使用活檢鉗(用于收集部分機構的一種手段)等用工具時，在超聲波清洗消毒前，需要仔細清理外界。一次性活檢鉗也將用于一些醫院門診。
此外，在獲得消化內鏡學會認可的具體指導設備中，需要制定符合每個設備現狀的清洗和消毒指南。
