內鏡清洗工作站是內鏡設備使用后再處理的重要步驟。清洗消毒須保持正確的工作流程，這是防止內鏡交叉感染的措施，尤其是軟性內鏡。內鏡清洗工作站的清洗消毒流程應該是單向的，從去污，到清洗，再到入庫。在此過程中，不僅要控制污染物，保護和維護內窺鏡，還要防止清洗過程中的污染物和清洗劑對工作人員的傷害。在軟式內窺鏡的清洗消毒中，要注意溫濕度、環境清潔度、工作人員服裝等問題，以更大的消毒力度保證各方面的安全。
內鏡清洗工作站是專門用于內鏡清洗消毒的系統，所以要與護理區和手術室分開。清洗時要考慮內鏡的材質和使用的消毒劑種類，清洗用水，內鏡的存放，清洗效率和周轉率。內窺鏡清洗應與手術室隔離，所以內鏡清洗工作站須專門設計用于去污消毒。在過程中，要注意從臟到凈的過程規范，避免交叉感染。對于內鏡器械，軟內鏡和半硬內鏡的清洗要進行物理隔離，或者進行嚴格的單向處理程序，這也是為了保證清洗消毒的徹底性，避免交叉感染。
以前我們在分析內鏡清洗消毒機的設備時說過，即使是號稱“全自動”的設備，在實際清洗之前也要進行手動清洗，因為內鏡本身結構就比較精密復雜，僅靠清洗機清洗部分管腔等部位是無法徹底清洗干凈的。在內鏡清洗工作站中，消毒區應與人工清洗區分開。清洗消毒后要晾干，按要求掛在專用的儲鏡柜內。其次，關注工作人員。使用后清洗被污染的內窺鏡前，應有指定的回收場所。該場所應有明顯的限制人員流動和限制出入區域的標志，且該標志能被工作人員看到。該區域應被指定為限制區域，以防止人們或訪客將微生物帶入內窺鏡清潔區域。
