為確保內窺鏡無菌，使用內窺鏡自動清洗機。在內窺鏡的實際應用和清洗工作中，軟內窺鏡和硬內窺鏡在結構上并沒有太大的區別，不同品牌之間也沒有太大的區別。但在構成材料上，軟式內窺鏡內窺鏡一般都是用特氟龍和一些高分子軟性材料制成，而硬式內窺鏡則全部是鋼制的。以及清洗，無論什么樣的內窺鏡，都需要包括內管和外表面。
但在內窺鏡的實際清洗中，內窺鏡的自動清洗功能可以使工作效果更加明顯，保證再次應用于患者時的可靠性。
說到軟內鏡和硬內鏡的外在差異，其實兩種內窺鏡不僅材質成分差異大，程序也略有不同。軟性內鏡需要高等級，一般采用內鏡自動清洗。通過化學，使用戊二醛和鄰苯二甲醛。但需要注意的是，不同用途的軟式內窺鏡都有相應的浸泡時間。如果不使用專門的內鏡而是手動清洗，所需時間會有所不同。自動內鏡清洗有專門的程序，可以在使用前設置。
硬型內窺鏡在應用中需要通過窗口進入人體，所以在清潔中還需要。如果用內窺鏡自動清洗清洗，采用壓力蒸汽。如果是柔性內窺鏡，很多醫院會根據不同的應用做不同的清洗方法，因為檢查內窺鏡的具體使用方法是不一樣的。其中有一部分是用于檢查內窺鏡，比如胃鏡等。雖然在使用中會接觸到患者的食道和胃，但這兩個部位是與外界環境相連的，所以這兩個部位不算無菌環境，但如果內窺鏡用于手術，如胃和十二指腸，為了避免術后感染，也要做好工作。上面我們說了，清洗設備有這些程序，這些工作內窺鏡的自動清洗是可以實現的。
