內鏡從患者體內取出后，應立即清潔床側，然后將內鏡放置妥當，方可進入內鏡清潔工作站。內窺鏡的再加工還需要嚴格的人工清洗和檢漏，內窺鏡等設備的自動清洗消毒機，但不能在高壓高溫下，清洗時要注意內窺鏡的故障和維護。我們對內窺鏡的故障進行了分析，無論儀器的類型和功能如何，注意清洗方法、清洗設備的操作和檢查都是避免嚴重故障和損失的重要措施。
如上所述，消化內鏡清洗床側后進入內鏡清洗工作站，然后按照漏水試驗、人工清洗、內鏡自動清洗消毒機清洗、無菌水沖洗、內鏡存放柜存放等程序進行清洗和保管。對于需要再處理的內窺鏡，一般是允許做高溫高壓的，在儀器的外面會有綠色的標識或者高壓器和高壓器的字樣。在清洗過程中，我們應該確保內窺鏡清洗工作站中的所有設備都處于良好狀態，因為內窺鏡儀器的損壞是由于不良的清洗操作造成的。其次，要做好檢查磨損、劃痕、裂紋、扭曲、金屬部件松動等工作。如果內窺鏡不小心碰到硬物，就非常容易造成噴嘴變形和堵塞。所以在清洗的時候，尤其是人工清洗的時候，要注意操作規范。如果由于科室周轉問題，內窺鏡使用后沒有立即清洗干凈，異物很容易卡在噴嘴內。清潔過程中要區分這兩種情況。
內鏡清洗工作站的操作規范有利于減少內鏡損傷和維護成本，更重要的是可以降低患者之間交叉感染的風險。清洗消化內鏡可以保證器械無菌，但是清洗不是一件簡單的事情。內鏡的自動清洗消毒機、水箱、毛刷、化工產品都可能是影響清洗效果的因素，這些都是人為因素的影響，比如設備的周轉不夠、工作人員的培訓不夠等。其次，需要再處理的內鏡要盡早清洗，否則會造成內鏡表面的污垢變干，增加清洗難度，還會導致生物膜的形成，更加難以清洗。
