隨著內鏡技術的不斷發展，內鏡已經成為診斷和消化系統疑難疾病不可或缺的手段。內窺鏡作為一種侵入人體體腔的器械，由于結構復雜、材料特殊，不容易滿足完全的要求。一旦手術過程中破壞了人體的防御屏障，醫源性感染的幾率就會大大增加。內窺鏡清洗工作站的清洗步驟如下。
使用柔性內窺鏡后，應立即用濕紗布擦去外表面的污垢，并重復供氣和供水至少10秒鐘。取下內窺鏡，安裝防水蓋，放入合適的容器中，送至清洗消毒室。
初始洗滌
(1)將內窺鏡放入清洗槽中:
1.在流動水下徹底沖洗，用紗布反復擦洗鏡體，同時清洗手術部。
2.拆下活檢入口閥、抽吸器按鈕和供氣供水按鈕，用清潔刷徹底擦洗導光軟管的活檢通道和抽吸器管。擦洗時，一定要看清刷頭兩端，并清潔刷頭上的污垢。
3.安裝全管灌注器、管塞、防水帽和吸引器，用吸引器反復抽吸活檢通道。
4.將一個50毫升的注射器連接到滿管灌注器上，吸入干凈的水，注入供氣和供水管道。
5.用抽吸器抽吸活檢通道中的水，并干燥鏡。
(2)用清水沖洗并干燥拆下的抽吸器按鈕、送水按鈕和活檢入口閥。
(3)清潔紗布應一次性使用，清潔刷應逐個使用和消毒。
酶洗
(1)將干燥后的內窺鏡放入洗酶槽中，用注射器吸取100 ml的多酶洗滌液，沖洗供氣供水管道，用吸引器將含酶洗滌液吸入活檢通道，在操作部位用多酶洗滌液擦拭。
(2)干燥后的附件、按鈕和閥門應浸泡在多酶洗液中，附件應在超聲波清洗機中清洗5 ~ 10分鐘。
(3)清洗1個內窺鏡后應更換多酶洗劑。
洗滌
將浸泡在多酶洗液中的內窺鏡清洗干凈，然后用清水灌注兩分鐘，去除多酶洗液和管道中的松散污垢，同時沖洗內窺鏡的外表面。
吸入
消毒后的內鏡用2%堿性戊二醛消毒，浸泡時間如下:(1)胃鏡、腸鏡、十二指腸鏡浸泡不少于10分鐘；(2)在支氣管鏡中浸泡不少于20分鐘。
終洗滌
將內窺鏡連同全管灌注器、按鈕和閥門一起移動到終端沖洗罐中，用純凈水沖洗內窺鏡的所有管道至少2分鐘，直到沒有消毒劑殘留，并用純凈水沖洗內窺鏡清洗工作站的外表面、按鈕和閥門。使用壓力氣槍用干凈的壓縮空氣給所有管道充氣至少30秒，直到管道完全干燥。
