1.內鏡室設有病人等候室、診斷室、清洗消毒室和內鏡存放室。清潔消毒室應通風良好，門診應設置空氣消毒機，保證室內空氣清潔。
2.保持區域清潔。室和清潔消毒室運行后，應嚴格執行終末消毒。
3.醫護人員在內鏡診療時應佩戴口罩和帽子，防止呼吸道感染。內窺鏡清洗消毒時，應具備內窺鏡清洗消毒知識，接受醫院感染培訓，嚴格遵守相關規章制度。
4.對內窺鏡進行清洗消毒時，工作人員應穿戴必要的防護用品，包括工作服、防滲圍裙、口罩、帽子、手套等。內窺鏡消毒應在2%戊二醛中浸泡30分鐘，然后用無菌蒸餾水徹底清洗。進入無菌組織器官的內窺鏡，如胸腔鏡、腹腔鏡、活檢鉗等，必須用2%戊二醛浸泡10分鐘。使用前幾個小時。鼓勵低溫。
5.日常診療開始前，當天使用的消毒內窺鏡必須再次消毒不少于20分鐘。消毒后的內窺鏡經過清洗和干燥后，可用于患者的診斷和。
6.內窺鏡及其附件使用后，應當按照《內窺鏡清洗消毒技術標準》的有關規定進行消毒。不要用不流動的水清洗內窺鏡。內窺鏡及其附件的清洗、消毒和時間應由定時器控制。
