內窺鏡清潔和高水平消毒步驟之間的安全裕度非常小（0-2 log10）。 因此，如果與標準的清潔程序稍有偏差，可能會導致無法消除患者之間繼發感染的可能性。 與較小的內窺鏡清潔消毒安全邊際相比，手術器械清潔消毒的安全邊際（17 log10）要大得多。 那么，應該怎么做才能保證這些常用儀器的安全呢？ 執行實踐指南，實施設備維護和日常檢查，并至少每年評估一次設備操作人員的能力。 但是，如果不嚴格遵守規定，可能會導致更多的群體感染事件。 一些及時的監測措施將有助于將感染問題限制在可控范圍內，例如內窺鏡清潔后微生物污染的頻率和水平，以及嚴格按照現有指南進行的高水平消毒。 如果發現內窺鏡被潛在病原體（如腸道革蘭氏陰性菌）污染，則需要對這些污染的臨床影響進行定量評估。
此外，還需要更好的方法來評估清潔和高水平消毒的有效性。 雖然微生物培養方法是金標準，但不能用于微生物感染的實時監測。 根據Epstein等人的研究，定期對十二指腸鏡進行微生物監測以評估污染情況是合理的，但仍有許多問題亟待解決。 這些問題包括： (1) 應該使用什么臨界值來定義適當的消毒水平（0 病原體或更高的數字，例如<10 菌落單位腸道病原體/腔）？ (2) 消化內鏡評估應如何取樣（如全內鏡或部分取樣）？ (3) 是根據污染頻率（即內窺鏡污染的百分比）還是根據污染程度來觸發下一步動作？ (4)如果發現觸發行走運動的陽性結果，內窺鏡使用者應采取什么措施（如告知患者進行血源性病原體檢測、內窺鏡用環氧乙烷消毒或對陽性結果進行消毒等） 內窺鏡用環氧乙烷消毒）？ 此外，還需要探索其他實時監測方法，以有效評估感染風險。
